申请新版通行证需填写《中国公民出入境证件申请表》，提交符合要求的照片，并按规定提交相关证明材料。内地公安机关出入境管理部门对首次申请电子往来港澳通行证的16周岁以上(含)的申请人，均将采集或核验指纹，16周岁以下的申请人是否采集指纹根据其监护人的意见确定；如持证人希望免登记使用港澳地区自助查验通道通关，还应在申请电子往来港澳通行证时签署《免登记使用港澳地区自助查验通道声明》(不满16周岁的由其监护人签署)。同时，由于申请电子往来港澳通行证时需要采集居民指纹信息，所以申请受理时间会有所延长。
新版证件取消了贴纸式签注，为方便持证人掌握签注的使用情况，内地公安机关出入境管理部门将向持证人提供电子往来港澳通行证签注剩余次数的查询服务。港澳地区主管部门将在其总部及部分口岸(主要是海港码头口岸)设置自助咨询台，为持证人本人提供查询签注信息服务。
电子往来港澳通行证背面打印的签注信息出现字迹模糊或消退等情况，其芯片记录签注尚未使用完毕，持证人可以向公安机关申请重新打印签注信息，公安机关出入境管理部门经查证属实后，可以免费为持证人重新打印原签注信息。
电子往来港澳通行证启用后，仍在有效期内的现行往来港澳通行证(本式)及往来港澳签注(贴纸式)可以继续使用。持用本式往来港澳通行证的，可以继续申请贴纸式往来港澳签注，也可以申请换发电子往来港澳通行证。
新版通行证中增加了电子芯片及多项物理防伪措施，制作成本较现行通行证大幅提高。但为不给申请人增加负担，新版通行证的收费标准不作调整。
